Camtrapviz, une interface Shiny pour visualiser les données de pièges photographiques

Rencontres R 2023, Avignon

Lisa Nicvert

Université de Lyon, Université Lyon 1, CNRS, VetAgro Sup

Stéphane Dray

Université de Lyon, Université Lyon 1, CNRS, VetAgro Sup

Hervé Fritz

CNRS-NMU-UCBL, Nelson Mandela University

Sustainability Research Unit

21 juin 2023

Pièges photos (camera traps)

Photo d'un piège photo installé dans une aire protégée

Piège photo Lisa Nicvert

  • Appareils photos à déclenchement automatique

  • Savoir quelles espèces sont présentes, quand et où

Type de données

Souvent deux tableaux :

Observations

 

Pièges photos

Espèce Date Heure Piège photo …
elephant 2023-21-06 14:57:12 CAM1
elephant 2023-24-06 06:06:42 CAM2
gnou 2023-24-06 07:42:11 CAM1

 

Piège photo Latitude Longitude …
CAM1 43.9790 4.8909
CAM2 43.9500 4.8159
CAM3 43.9521 4.8074

Photo icons created by Pixel perfect - Flaticon | Table icons created by Pixel perfect - Flaticon

Analyses

  • Indicateurs descriptifs : nombre de pièges photos actifs, durée d’échantillonnage…

  • Graphiques : cartes, barplots d’abondances…

  • Analyses spécifiques aux pièges photos: activité temporelle et occupation de l’espace des espèces

Trapping nights 55

 

 

Camtrapviz, c’est une app Shiny

Camtrapviz, c’est une app Shiny

Camtrapviz, c’est aussi un package

Permet d’utiliser tous les outils du package (vignettes, documentation, facilité d’installation et gestion des dépendances)

Shinymeta permet d’exporter le code

Le package Shinymeta permet de générer le code R pour reproduire l’analyse Shiny en mode non-interactif

capture d’écran -> visualiser des morceaux de code ou télécharger le Rmd avec l’analyse complète

Pourquoi cette app ?

  • Permettre à tout le monde de visualiser les données de pièges photos sans code : chercheur·euses, gestionnaires…

  • En s’appuyant sur l’écosystème R en écologie / analyse de données de pièges photos

Merci !

https://github.com/LisaNicvert/camtrapviz

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